Среди исследований по беспозвоночным, кроме вышеупомянутой работы о Наутилусе, наиболее известны работы о трихине, ли-мулусе, о головоногих моллюсках и другие. В 1843 г. Оуэн выпустил «Лекции по сравнительной анатомии и физиологии беспозвоночных».
По позвоночным известны: исследования зубов («Одонтогра-фия», 1840—1845 гг.), костей, мозга; далее — развития сумчатых и особенностей однопроходных, «Сравнительная анатомия и физиология позвоночных» в 3 томах (1866—1868 гг.) и другие сочинения.
К известнейшим работам Оуэна относятся его палеонтологические исследования. Среди них: о таксодоне, крупном ископаемом копытном, которым также занимался Дарвин, об ископаемых британских млекопитающих и птицах, о британских рептилиях, о вымерших птицах, среди них о новозеландском моа, громадной птице, которую Оуэн восстановил по бедру, и т. д. Оуэн описал также Археоптерикса («первоптицу») — это один из самых интересных палеонтологических объектов Оуэна. Оуэн также обработал палеонтологический материал (1840 г.), привезенный на «Бигле» из известного кругосветного путешествия.
К эпохе расцвета научной деятельности Оуэна относятся его известные работы по теоретическим вопросам зоологии, произведенные в 40-е годы. Среди них книга об «архетипе», вышедшая в 1848 г. на английском языке и в 1855 г. на французском, с исправлениями и добавлениями. В 1849 г. вышла книга о природе конечностей («On the Natur of Limbs»). В этих сочинениях Оуэн развивает свой взгляд на гомологии и аналогии, опираясь, по-видимому, на работы своих современников Мак-Ли (McLeay) и Стриклэнда (Strickland) (ср.: Haupt-Hamburg, 1935), а также об «архетипе» как основной форме скелета всех позвоночных, выражении «единства в многообразии» всевозможных конкретных скелетов позвоночных. Подробнее об этой концепции Оуэна, тесно связанной с его учением о гомологии, речь будет дальше.
Нам остается еще сказать несколько слов о второй половине жизни Оуэна. В 1856 г., в зените своей славы, когда Оуэн слыл первым анатомом и зоологом Европы, он покинул Хантеровский музей и поступил на должность «суперинтенданта» (директора) вновь организуемого отдела естественной истории Британского музея. Оуэн много потрудился над организацией и развитием этого отдела, проработав там до 1883 г., когда по старости ушел на покой и жил в «очаровательном» коттедже близ Лондона, в Ричмонд-парке. Потеряв жену и единственного сына, Оуэн доживал свои дни среди внуков. Оуэн любил природу, которой наслаждался в тиши своего сада, хотя в основном был «кабинетным» ученым. Последние работы его посвящены наблюдениям над птицами в его саду. Оуэн любил поэзию, художественную литературу и музыку; он играл на виолончели и флейте, разумеется как любитель.
Будучи строгим, точным и зорким исследователем в духе Кювье, Оуэн, в отличие от великого француза, был, однако, склонен к натурфилософии и, создавая свой «архетип», стремился совместить свою точную научную манеру работать с идеалистической фантазией.
Хотя Оуэн был современником Дарвина, он до конца жизни оставался верен тенденциям «трансцендентальной», или «идеалистической» морфологии. Его считают эпигоном, но вместе с тем и завершителем этого направления в середине XIX в. Он не упускает случая сообщить мысли своих предшественников по вопросу, о котором он сам высказывается, отдавая должное Вик д'Азиру, Гёте, Жоффруа, Окену и другим.
Оуэн сыграл значительную роль в истории морфологии. Прежде всего, надо указать на то, что он создал понятие «гомология», прочно вошедшее в науку. Этот термин он заимствовал из геометрии, где им обозначаются «стороны одинаковых фигур, противостоящие соответствующим равным углам, или же обозначаются части, имеющие те же пропорции»   («Principes d'osteologie comparee. . .»,   1855,стр. 25). Противопоставляя гомологию органов аналогии, Оуэн так определяет эти понятия: «Аналогичны. — Часть или орган, который у одного животного обладает той же функцией, которой обладает другая часть или другой орган у другого отличающегося животного. Гомологичны. — Те же органы у разных животных при всевозможных вариациях их формы и функции. Маленький Draco volans (летающий дракон — рептилия, способная парить в воздухе благодаря особому аппарату, поддерживаемому длинными ребрами, — И. К.) может служить весьма ясным примером этих двух отношений, — пишет Оуэн. -— Передние конечности, составленные в основном из тех же частей, как и крылья птиц, гомологичны им; тогда как парашют, составленный из иных частей и тем не менее выполняющий ту же функцию, как и крылья птицы, аналогичен им» (там же, стр. 28—29). Отчетливое различение этих двух понятий — гомологии и аналогии — сыграло большую роль в развитии морфологии, и оба эти понятия и в наши дни употребляются в основном в том же смысле, в каком их понимал Оуэн. Примеры того и другого рода явлений приводятся в учебниках не только высшей, но и средней школы и в повторении здесь не нуждаются.
Оуэн ясно сознавал значение «коннексий», относительного взаиморасположения гомологичных частей, независимо от различий в ходе развития их. «Несомненно существует, — писал он, — большое общее сходство в способе развития гомологичных частей; но формы, пропорции, функции и даже субстанция этих частей могут быть модифицированы без того, чтобы их основные гомологические отношения были бы этим стерты. Эти отношения принципиально, если не всецело, являются детерминированными относительным положением и коннексией частей; и они могут существовать независимо от формы, пропорции, субстанции, функции и даже сходства развития» (там же, стр. 27). В этом отношении Оуэн расходился с Жоффруа, который, по-видимому, был склонен думать, что гомологичные органы развиваются похожим образом (ср.: Ann. Sci. nat., VI, 1825).
Оуэн различал три вида гомологии. Первый — тот, который определен выше: «когда соответствие какого-нибудь органа определяется его коннексиями с органом другого животного; определение этой гомологии указывает, что эти животные построены по общему типу» («Principes. . .», стр. 29). В таком случае речь идет о гомологии каких-нибудь конкретных частей, например не только передних конечностей, как в вышеприведенном примере дракона и птицы, но отдельных костей этих конечностей. Это то, что Оуэн назвал «специальной» гомологией. Такого рода гомологизацией занимались ученые еще с античности, «аналогизируя» чешуи и перья, как Эмпедокл, «отождествляя» межчелюстную кость обезьяны и человека, как Вик д'Азир и Гёте, и т. д. И надо помнить, как правильно указал Оуэн, что за этой «специальной» гомологизацией  почти  всегда  в  той  или  иной  мере смутно  предполагается общность типа, общность плана строения тех животных, у которых имеются гомологичные части.
«Более высокое гомологическое отношение, — пишет Оуэн, — есть то, когда часть или ряд частей относится к основному типу и упоминание которого предполагает знание архетипа (прототипа, основного типа, — И. /(.), по которому построена естественная группа животных, например позвоночных» (там же, стр. 29). Так, признание какой-нибудь конкретной кости в качестве элемента этого архетипа (подробнее речь о нем будет дальше), т. е. отнесение ее к этому общему типу, будет выход из сферы «специальной» гомологизации в сферу общей гомологизации, ибо архетип Оуэна, в отличие от прежних представлений об общем типе, отличался предельной разработкой и полнотой такого рода схемы. Наконец, Оуэн выделяет третий вид гомологии, развивая то, что было начато Вик д'Азиром, что часто называется «сериальной» гомологией и что было использовано натурфилософией (см. стр. 83 настоящей книги). Это, как известно, гомологическое сходство частей в пределах одного и того же организма: передних и задних конечностей, нервов и т. д., особенно же позвонков. Последними особенно усердно занимался Оуэн и с ними, как мы увидим дальше, тесно связана его теория построения архетипа. Оуэн предложил называть термином «гомологичные» части разных организмов, гомологичные же части одного и того же организма, как позвонки, называть «гомотипичными». В наше время этот род сходства называют «го-модинамия», а «гомотипией» обозначаются симметричные органы правой и левой стороны (см.: Шмальгаузен,  1947, стр.  18).