Кювье, как самый знающий сравнительный анатом своей эпохи, строя «естественную» систему животных, пришел к выводу, что прямолинейная лестница существ старых авторов ошибочна и отказался от нее. Не отрицая существования «известного рода деградации и перехода от одного вида к другому», Кювье, однако, утверждал: «Предполагаемая лестница существ является лишь ошибочным применением ко всему творению частных наблюдений, которые остаются верными только в тех пределах, в которых они были сделаны; и это применение, по-моему, повредило прогрессу естественной истории в последнее время в такой степени, что трудно даже себе представить» («Le regne animal. *.», стр. XXI). Можно строить, по мнению Кювье, «лестницы», т. е. серии постепенного усложнения, хотя бы для каждого органа, но в одном каком-нибудь организме ступени не будут совпадать, так как он может иметь одни органы на более высокой ступени развития, чем другие («Lecons. . .», стр. 59—60). Прямолинейная лестница существ, как понимал ее, например, Бонне, предполагает единство «плана» или «типа» строения всех ее членов, что особенно старательно и последовательно пытался показать Робине и чем пользовался   Жоффруа,   доказывая   единство   строения   всех   животных (см. стр. 71 и 260 настоящей книги). Поэтому, отвергая единую лестницу существ, Кювье отвергал и единство «типа», а это единство было как раз одной из важнейших идей зоологических «философствований» Жоффруа Сент-Илера. В 1830 г. вопрос о единстве «типа» стал центральным вопросом знаменитого спора Кювье с Жоффруа.
Кювье, на основании своего исключительно большого и строгого знания животного царства, произвел глубокую реорганизацию системы животных. Он отказался от старого деления на два основных ствола — животных с «красной» и с «белой» кровью, или «позвоночных» и «беспозвоночных» (деление, которое в реформированном виде все же сохранилось в науке до наших дней) — и пред-ложил, как известно, деление всех животных на четыре «ветви» (embranchemens), которые он называет еще «главными формами» (formes principials) и «общими планами» (plans generaux), «по которым все животные, как кажется, моделированы и низшие подразделения которых... являются только довольно незначительными модификациями, основанными на развитии или добавлении некоторых частей, по существу ничего в плане не меняющих» («La regne animal...», стр. 57). Только одна из «ветвей» — «позвоночные», а три другие охватывают «беспозвоночных» — это «моллюски», «членистые» и «лучистые» животные, и эти три ветви столь же высокого систематического уровня, как и «позвоночные». Позже эти «ветви» Кювье, или «планы», получили, по предложению Бленвиля, название «типов», которое сохранилось до наших дней. Слово «тип» здесь употребляется в несколько ином смысле, чем в понятии «морфологический тип», — прежде всего систематическом. Распределение животных на эти четыре «ветви» Кювье произвел на основании анатомии животных прежде всего, используя свои знания о «преобладающих» органах: в разных «ветвях» такие органы разно построены и находятся в разном взаиморасположении, например, нервная и кровеносная система позвоночных весьма существенно отличается от аналогичных систем «членистых» животных (насекомых, кольчатых червей и др.). Кювье вообще считал, что по своему строению все четыре «ветви» животного царства резко отделены друг от друга и никаких переходных форм от одной к другой не существует. Чтобы лучше понять эти четыре «ветви» животного царства по Кювье, надо, хотя бы очень кратко, познакомиться с особенностями каждой из них.
Посмотрим, как Кювье характеризует первую из этих «ветвей», или «больших подразделений»,—позвоночных. «В первой из этих форм, к каковой относится человек и животные, наиболее похожие на него, мозг и основной ствол нервной системы скрыты в костной оболочке, состоящей из черепа и позвоночника; по бокам средней части этого столба прикрепляются ребра и кости конечностей, образующие остов тела, мускулы в общем покрывают кости, которыми они двигают, а внутренности помещаются в голове и туловище. Животных этой формы мы будем называть позвоночными животными   (Animalia vertebrata).
«Кровь у них красная, мускулистое сердце; рот с двумя горизонтальными челюстями; отчетливые органы зрения, слуха, обоняния и вкуса, расположенные в полостях лица. Никогда не более четырех конечностей; пол всегда раздельный и более или менее то же распределение масс мозга и главных ветвей нервной системы.
«Рассматривая ближе каждую часть этой большой системы, можно всегда найти некоторые аналогии даже у видов, наиболее удаленных друг от друга, и можно проследить деградации того же самого плана от человека до последней рыбы» (там же, стр. 57, 58).
Однако, вопреки мнению Жоффруа, Кювье вовсе не считал, что все морфологические элементы, как например кости, будут так или иначе повторяться у всех позвоночных и что из классов позвоночных можно построить восходящий ряд, показывающий постепенное усложнение их строения. Так, обсудив и доказав в первом томе своей «Естественной истории рыб» (1828 г.) ошибочность сближения рыб с головоногими моллюсками, из которых натурфилософы «выводили» рыб, Кювье писал: «Сближение рыб с другими позвоночными не так уж плохо обосновано. Здесь по крайней мере начинается заметное сходство в числе систем органов и их взаимных коннексий (связей, — И. К.); но это еще далеко, я не говорю до идентичности, я говорю — даже до видимости прогрессивного хода» (стр. 546). И дальше: «Мы приходим к заключению, что если существуют черты сходства между органами рыб и таковыми других классов, то лишь в той мере, в какой схожи их функции» (там же, стр. 550). Иными словами, Кювье объясняет сходство строения классов позвоночных сходством функции соответствующих органов. Модернизируя его мысль, можно было бы сказать, что это сходство есть нечто вроде конвергенции, как сходство формы тела рыбы и кита, плавника первой и ласта второго и т. д. При этом Кювье не ищет научного объяснения такому сходству, а довольствуется ссылкой на целесообразность устройства животных (ср. стр. 238 настоящей книги).
Кювье, как известно, не выделял особо гомологического сходства частей животных, чем так усердно занимался Жоффруа. И потому коннексий в том смысле, как этот термин понимал Жоффруа, он не различал, и этот род явлений вливается у Кювье в общее представление о корреляциях. Конечно, коннексий Жоффруа тоже корреляции, но особого рода — корреляции гомологичных частей как таковых, с чем Кювье не считался. Это не могло не отозваться на теории типов Кювье.
Но вернемся к характеристике «ветвей» животного царства по Кювье и для сравнения познакомимся еще с характеристикой третьей «ветви», к которой относятся насекомые, черви и т. д. «Их нервная  система   состоит   из  двух   длинных   шнуров,  тянущихся вдоль живота, утолщающихся через интервалы в узлы или ганглии. Первый из этих узлов, помещающийся над глоткой, называемый мозгом, нисколько не больше остальных. Оболочка их туловища разделена поперечными складками в известное число колец, покровы которых являются то твердыми, то мягкими, но к их внутренней поверхности всегда прикрепляются мускулы. Туловище часто несет на себе расчлененные конечности, но также часто оно бывает лишено их.
«Этим животным мы дадим название Членистых животных (Animalia articulata).
«Это среди них наблюдается переход от кровообращения по замкнутым сосудам к питанию путем всасывания и соответствующий переход от дыхания в ограниченных органах к таковому посредством трахей или воздушных сосудов, простирающихся по всему телу. Органы вкуса и зрения у них самые отчетливые; одно семейство обнаруживает органы слуха. Их челюсти, когда они имеются у них, всегда боковые» («La regne animal...», стр. 59—60).
Мы видим, что эти две характеристики первой и третьей «ветви» построены аналогично: начинаются с описания нервной системы, далее идет речь о скелете и конечностях. Это главная часть характеристики заканчивается названием группы, а далее идет описание кровеносной системы, органов чувств и других особенностей низшего ранга.
В таком же роде дается описание двух других «ветвей» животного царства — «моллюсков» и «лучистых» животных. Эти четыре больших группы являются в системе Кювье высшими единицами и каждая из них распадается на классы и другие низшие подразделения вплоть до видов. Своим идеалом Кювье считал «естественную систему». «Так называется, — писал он, — такое распределение, в котором существа того же рода (genre) оказались бы более по-соседству, чем с теми, которые относятся к другим родам; роды одного и того же отряда более сближены, чем роды всех других отрядов и так далее. Эта система — идеал, к которому естественная история должна стремиться; ибо очевидно, если бы удалось ее достичь, то получилось бы точное и полное отображение (expression) всей природы. Действительно, каждое существо определяется через черты сходства и различия с другими, а все эти отношения были бы вполне представлены благодаря распределению, на которое мы только что указали.
«Словом, естественная система была бы вся наука, и каждый шаг, который делается системой, приближает науку к ее цели» (там же, стр.  11 — 12).
В этих словах Кювье как бы выражено все величие его научной задачи и вся ограниченность ее. Действительно, описание строгое, точное, стройное и всеобъемлющее всего царства животных, и вообще всех трех «царств природы», и классификация на основании такого описания — задача грандиозная и нужная, однако не столь Простая, как казалось Кювье, на уровне науки его эпохи. Но что таким построением естественной системы природных тел не исчерпывается все естествознание, это столь очевидно в наше время, что останавливаться на этом не стоит. Кювье счел за «всю науку» лишь один план познания ее, и в этом его ошибка. Известно, что своеобразный «позитивизм» его мировоззрения удерживал его от всякого рода «философских» вопросов, как вопросы о происхождении предметов природы, из которых строится естественная система, их изменчивости и т. п.